1)まず、ATOKが有効な状態でキーボードの「Ctrl」+「F12」でATOKプロパティを出す。
2)辞書・学習タブで「標準辞書セット」、「標準辞書」を指定して「学習」の詳細設定をクリック(以下参照)。

3)「学習情報のクリア」をクリック(以下参照)。

4)「はい」をクリック。これで完了です。
右隣に「ユーザー辞書のクリア」というのがありますが、これをクリックすると、登録単語まで初期化してしまうので、あまりおすすめはしません。
※今は推測変換が導入されるなど、ATOKが進化しているので、(ある程度)定期的にこれを実施しても使いにくくなったりはしないと思います。
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